Under en pause i opsætningen af Hamlet på Dramaten i Stockholm tager en kvindelig selvmordsbomber over fyrre mennesker med sig i døden, og et nationalt traume er skabt.
Julia Malmros er genindtrådt i politiet og deltager i efterforskningen til stor fortrydelse for sin eksmand, politikommissær Johnny Munter. Samtidig har Kim Ribbing besluttet sig for at bygge sin sadistiske farfars herregård om til en flygtningecenter, men efter et attentat mod bygningen, beslutter også han sig for at gå ind i efterforskningen på sin helt egen måde.
Men så springer endnu en bombe. Denne gang er det en moske der rammes med endnu flere ofre end på Dramaten. Sverige er i oprør og landet deles nærmest i to, mens fredelige demonstrationer udarter til grov vold. Julia og Kim må arbejde mod tiden for at samle trådene i de dramatiske hændelser.
Ånden i maskinen, der er det tredje og afsluttende bind i den svenske forfatter John Ajvide Lindqvists trilogi Blodstormen, er en både eftertænksom og actionmættet roman om polarisering og radikalisering. Hvor den første bog, Skriften i vandet, kiggede ud i verden, og den anden bog, Rummet i jorden, gravede sig ned i det indre univers, er Ånden i maskinen en her og nu-beretning om de forhold, der kan vende os mennesker mod hinanden.
